Secciones y fondos bibliográficos
Los fondos bibliográficos de la Biblioteca de Santa Cruz están divididos en las siguientes secciones:
Consta de 528 manuscritos, entre los cuales destaca como pieza mas antigua y valiosa de 
Los Comentarios al Apocalipsis San Juan , de Beato de Liébana , manuscrito mozárabe escrito en pergamino, de letra visigótica, fechado en el año 970, que contiene 87 miniaturas a todo color y en magnífico estado de conservación.
La temática de la que tratan los manuscritos es muy variada y ofrecen los diversos aspectos del saber de cada época. Existe desde una Biblia hebrea hasta clásicos como los Orationes de Cicerón y el Cronicón (Interpretatio Eusebii...) de Eusebio de Cesarea , pasando por temas de historia y derecho como un ejemplar del Becerro de las Behetrias del año 1352.
Se está realizando un repositorio de manuscritos gracias a una subvención concedida los dos últimos años por el Ministerio de Cultura, Dirección General del Libro y Bibliotecas. En el catálogo se ven reflejados aquellos manuscritos digitalizados, siendo ésta una labor contínua sobre la que se irá informando a medida que digitalicemos más obras.
En esta sección hay que incluir otro fondo formado por los Papeles pertenecientes al Colegio Mayor de Santa Cruz de Valladolid, que es un inventario realizado por D. Saturnino Rivera Manescau y que se encuentra incluido dentro de los catálogos de la Biblioteca Universitaria y provincial (Santa Cruz) de Valladolid, publicado en 1918.
Reproducciones digitales disponibles: 125
Está compuesta por 355 volúmenes, de los cuales cerca de 200 son incunables. Entre estos destacan una obra de Bernardo Justiniano , impresa en Roma en 1471 y que es el libro impreso mas antiguo de la biblioteca. Existe también un ejemplar del Calendario Regiomontano , editado en Venecia en 1476, primera obra en la que aparece portada y el Fascículus temporum de Werner Rolewinck de Laer , primer libro con grabados impreso en España, concretamente en Sevilla, en 1480.
Dentro de los Raros, considerados asi por su antiguedad, ilustraciones, edición limitada, categoría del autor, etc. y pertenecientes sobre todo a la primera mitad del s. XVI, hay que señalar El Arte de Navegar de Pedro de Medina , impreso en Valladolid en 1545, La Crónica de Juan II de Fernán Pérez de Guzmán , impresa en Logroño en 1517, y como obra mas moderna dentro de esta sección, la edición príncipe de La Jerusalén conquistada de Lope de Vega , impresa en Madrid en 1609 por Juan de la Cuesta, famoso impresor del Quijote.
Reproducciones digitales disponibles: 125
Esta sección se puede consultar a través del Catálogo de obras anteriores a 1835 de la Biblioteca Universitaria.
Cuenta con 12.878 impresos de los siglos XVI, XVII y XVIII sobre todo, mas algunos del siglo XIX de la biblioteca de Santa Cruz y otros 11.444 libros impresos, procedentes de la biblioteca general universitaria, también de estos mismos siglos. Esto constituye un fondo bibliográfico antiguo importante tanto en cuanto a su número como a la calidad de sus obras.
La temática de estas obras es predominantemente religiosa, debido en gran parte a su procedencia: jesuitas y desamortización, y doctrinal, es decir libros de enseñanza de cualquier disciplina de las que se impartían en la Universidad de Valladolid, escritas, en su mayor parte, en latín. En el siglo XVIII se incorporan libros científicos escritos en francés y otras lenguas europeas ampliando el campo temático existente: matemáticas, botánica, ciencias naturales etc. destacando como principal obra de esta época un ejemplar completo de la Enciclopedia Francesa.
Reproducciones digitales disponibles: 6 de Santa Cruz y 10 de BU
Esta sección se puede consultar a través del Catálogo de obras anteriores a 1835 de la Biblioteca Universitaria.
Comprende 4.400 folletos de los siglos XVIII y XIX, referentes en su mayoría a la propia vida de la Institución universitaria, Memorias de Institutos de Segunda Enseñanza y papeles de la vida cultural castellana: Discursos de ingreso de eruditos locales en las Academias e Instituciones culturales de la Ciudad, Memorias, Actividades ... Tambien están incluídos dentro de esta sección, 502 documentos impresos en Valladolid de los siglos XVI al XIX.
Esta sección se puede consultar a través del Catálogo de obras anteriores a 1835 de la Biblioteca Universitaria.